Toutefois, ces prothèses comportent, en dépit de leur matériau biologiquement inerte (le silicone pur, de bonne qualité médicale) et des progrès techniques, des complications fâcheuses et quelques inconforts: infections, difficultés d'adaptation à la taille pénienne résiduelle, résistance urétrale à l'écoulement urinaire et amarrage insuffisant, d'où un risque d'ulcération mécanique et d'extrusion. Ces dangers sont particulièrement accrus chez le paraplégique en raison de l'anesthésie locale, du mauvais contrôle vaso-moteur et surtout de la plus grande exposition aux infections urinaires potentiellement liées aux dysfonctionnements vésico-sphinctériens préexistants.

Avec les prothèses hydrauliques, certains de ces inconvénients sont éliminés. En outre, l'appareillage est mieux adapté car il permet à la verge de conserver un état de repos et d'être commodément sollicitée à volonté. Il comprend deux ballonnets intra-caverneux gonflables au moyen d'une poire de commande intra-scrotale. Un réservoir hydraulique assure le remplissage. Il est soit confondu avec la commande (prothèse type Genny), soit placé à l'intérieur de l'abdomen en situation pré-péritonéale (prothèse type Scott). Malheureusement, le système hydraulique reste entaché d'un coût excessif et d'un défaut de fiabilité (panne de valves) obligeant alors à des réinterventions (22 % d'échecs).